בתכולת העבודה של חב' א.א. הנדסה ותכנון מדרונות בע"מ היה תכנון חקירת הקרקע לטובת תכנון המנהרות והפורטלים של המנהרות, ניתוח חקירת הקרקע והכנת דו"ח גיאוטכני לקביעת ערכי תכן לתכנון עבודות הכרייה והתימוך.
במסגרת עבודות התכנון חב' א.א. הנדסה ותכנון מדרונות בע"מ תכננה 10 פורטלים לכל המנהרות. כאשר 8 מהם כבר בוצעו ודרכם מתבצעות עבודות הכרייה של כל המנהרות.
במסגרת תכנון המנהרות בוצע תכנון מפורט של שלושה צמדי מנהרות רכב תלת-נתיביות כדלקמן:
המנהרות חוצות מסלע באיכות טובה עד איכות גרועה ביותר.
חתך מנהרה טיפוסי -חתך פתוח
חתך מנהרה טיפוסי עם מפרץ חירום -חתך פתוח
חתך מנהרה טיפוסי -חתך סגור
חתך מנהרה טיפוסי עם מפרץ חירום -חתך סגור
פורטל יוקנעם צפון
פורטל יוקנעם דרום
פורטל יוקנעם צפון
פורטל רכסים דרום
פורטל רכסים דרום
פורטל אבטין דרום
פורטל רכסים צפון